পেঁয়াজ গাছ পরিপক্ব হলে এর গলার দিকের টিস্যু নরম হয়ে পাতা হেলে পড়ে। শতকরা ৭০-৮০ ভাগ পাতার অগ্রভাগ শুকিয়ে নেতিয়ে বা ভেঙ্গে পড়ে, ঠিক তখনই পেঁয়াজ সংগ্রহ করুন। ১৩০-১৪০ দিনে বারি পেঁয়াজ-১ ৯০-১০৫ দিনেবারি পেঁয়াজ-২, বারি পেঁয়াজ-৩  সংগ্রহ করুন। টিনের ঘরের সিলিংয়ে পেঁয়াজ রাখলে তা ২০-২৫ সেন্টিমিটারের বেশি পুরু  করে রাখবেন না। মেঝের দুই ফুট/ ৩০ সেমি ওপরে নির্মিত মাচায় পেঁয়াজ রাখলে তাতে সর্বোচ্চ ১০-১৫ সেমি পুরু করে পেঁয়াজ রাখুন । কিছুদিনের জন্য সংরক্ষণ করলে পাতলা বুনটের চটের বস্তায় বা প্লাস্টিকের নেটের ব্যাগে পুরে সারিবদ্ধভাবে খামাল দিয়ে রাখুন। মাঝে মধ্যে সংরক্ষিত পেঁয়াজ নাড়াচাড়া করে দিন এবং পচা পেঁয়াজ বেছে সরিয়ে ফেলুন। কাছে হিমাগার থাকলে এবং দীর্ঘদিন পেঁয়াজ  সংরক্ষণএর সুবিধা  থাকলে , শূন্য ডিগ্রি সেন্টিগ্রেড তাপমাত্রায় ৬৫ থেকে ৭০ শতাংশ আর্দ্রতায় রাখুন । অনেক দিন পেঁয়াজ সংরক্ষণ করা হলে তা থেকে চারা বের হওয়ার সমস্যা দেখা যায়।এর সমাধানে পেঁয়াজ সংগ্রহের দুই সপ্তাহ আগে পেঁয়াজ যখন পুষ্ট হয় এবং ওপরের শতকরা ৫০ ভাগ পাতা যখন নেতিয়ে পড়ে তখন ২০০০ পিপিএম মাত্রায় ম্যালিক হাইড্রাজাইড প্রয়োগ করুন। পেঁয়াজ উত্তোলনের তিন সপ্তাহ আগে অবশ্যই সেচ দেওয়া বন্ধ করুন। আবহাওয়া যখন শুষ্ক থাকে তখন পেঁয়াজ সংগ্রহ করুন। বৃষ্টির সময় পেঁয়াজ সংগ্রহ করবেন না। এতে সংরক্ষণকালে রোগ-বালাইয়ের আক্রমণ বেশি হয়। খেয়াল রাখুন।সংগ্রহকালে পেঁয়াজ যাতে আঘাত না পায় । পেঁয়াজের ওপরের অংশে এক ইঞ্চি/ আড়াই সেমি পরিমাণ এবং শিকড়ের দিকে সিকি ইঞ্চি /এক সেমি পরিমাণ রেখে ধারাল কাস্তে বা বঁটি দিয়ে কেটে নিন।